Die Organisation der Hygieneangelegenheiten setzt sich aus klinikinternen Mitarbeitern (Hygienefachkraft, Hygienebeauftragte Ärzte) im Verbund mit dem Beratungszentrum Hygiene in Freiburg zusammen (BZH). Das BZH stellt den Krankenhaushygieniker und gewährleistet, dass die aktuellen Richtlinie des RKI und der KH-Hygieneverordnung in die hauseigenen Hygienestandards einfliessen und eine Hygieneberatung jederzeit möglich ist (Hotline).
Für eine klare Organisationsstruktur des Hygienemanagements wurden eine Hygienefachkraft, ein Krankenhaushygieniker sowie ein Hygienebeauftragter Arzt benannt. Zusätzlich wurden neben der jährlichen Hygieneschulung der Mitarbeiter ausgewählte Pflegekräfte auf den Stationen spezifisch weitergebildet.